Tahun 1935 Aiken memutuskan untuk kembali melanjutkan pendidikannya. Pada tahun 1939 dia menerima gelar Ph.D dari universitas Harvard. Dalam proses pembuatan thesis dalam bidang fisika, Aiken mulai memikrkan tentang kontruksi sebuah mesin untuk dapat menolong sebuah perhitungan. Aiken mulai membicarakan idenya dan mulai melakukan beberapa penelitian. Dengan bantuan dari universitasnya, Aiken sukses meyakinkan perusahaan IBM untuk mendanai projeknya.
Ide yang saat itu akan dijalankan oleh Aiken dinamakan Mesin Electro Mechanic yang dapat melakukan perhitungan matematika dengan cepat dan effisien.IBM membuat mesin tersebut dengan Aiken yang saat itu dijadikan sebagai kepala team projek dan memberikan donasi kepada Harvard dengan syarat bahwa IBM akan mendapatkan royalty dari projek tersebut. Kontruksi team menggunakan komponen mesin yang telah dimiliki IBM.
Projek tersebut memakan waktu 7 tahun dan menghabiskan banyak uang hingga mesin yang dihasilkan dapat berjalan. Beberapa bagian projek yang tertunda diakibatkan karena campur tangan perang dunia ke II. Dan pada akhirnya Komputer pertama yang dihasilkan Aiken diberinama Rangkaian Kontrol Kalkulator Otomatis IBM atau lebih dikenal dengan sebutan Mark I.
Aiken Berhenti mengajar di Harvard pada tahun 1961 dan kemudian pindah ke Ft.Lauderdale, Florida. Dan setelah itu dia meninggal pada tanggal 14 Maret 1973 di St. Louis, Missouri.